Le « Virome » de deux espèces de chauves-souris décrypté
Les chercheurs de l’Institut Pasteur de la Guyane (équipe interactions virus-hôtes), en collaboration avec la Plateforme de Génomique de l’Institut Pasteur et l’INRA, viennent de publier un travail sur la présence des nombreux virus chez deux espèces de chauves-souris en Guyane. En effet, les chauves-souris sont des réservoirs privilégiés de nombreux virus, dont certains sont responsables de maladies sévères chez l’homme (Rage, SRAS, Ebola, etc.).
En Guyane, 106 espèces de chauves-souris ont été répertoriées mais peu de données sur les microorganismes qu’elles hébergent sont disponibles. Du fait des modifications de leurs habitats naturels, les chauves-souris peuvent être amenées à élire domicile dans des espaces anthropisés tels que les toits des habitations, sous les ponts, dans les carbets, etc. Elles se retrouvent ainsi plus souvent en contact avec les hommes et les animaux domestiques et peuvent être, à terme, à l’origine de l’émergence de zoonoses (maladies transmises par les animaux).
Le but de cette étude était de décrire les virus présents chez des chauves-souris en ciblant des espèces pouvant être en contact avec l’homme tel que le molosse commun (insectivore) et/ou présentant un régime alimentaire particulier tel que le vampire commun, Desmodus rotundus (hématophage).
Des échantillons de fèces et salives ont été collectés sur des individus capturés dans différents environnements de Guyane. La caractérisation des virus a été effectuée par une approche de séquençage haut débit (métagénomique) qui a permis d’identifier 51 familles virales capables d’infecter un panel très variable d’hôtes (ex. bactéries, plantes, insectes et vertébrés), parmi lesquelles 14 familles étaient liées aux mammifères. Les diversités et quantités de séquences virales obtenues étaient caractéristiques du régime alimentaire des chauves-souris, avec, pour exemple, une proportion plus importante de virus de mammifères chez les chauves-souris vampires, et une diversité plus importante de virus d’insectes et plantes observée chez les chauves-souris insectivores.
Outre l’impact de l’alimentation, certains virus n’étaient présents que dans un type d’habitat.
Cette étude a ainsi également pu souligner l’association potentielle entre le type d’habitat et la diversité virale des chauves-souris.
Ces résultats permettront d’apporter des données fondamentales sur les virus circulants dans les communautés de chauves-souris de Guyane.
Pour plus d’informations sur la publication
Salmier A, Tirera S, de Thoisy B, Franc A, Darcissac E, Donato D, Bouchier C, Lacoste V, Lavergne A. Virome analysis of two sympatric bat species (Desmodus rotundus and Molossus molossus) in French Guiana. PLoS One. 2017 Nov 8;12(11):e0186943.
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0186943
