Les programmes de recherche

Pièce ampli du labo de parasitologie

Laboratoire de parasitologie - pièce dédiée à l'amplification des acides nucléiques

Le laboratoire de parasitologie de l’Institut Pasteur de la Guyane conduit des programmes de recherche en lien étroit avec ses activités de santé publique .

En ce début de XXIe siècle, le paludisme demeure un fléau majeur de santé publique dans le monde. Plus d’un tiers de la population mondiale est exposé. Grâce au renforcement de la lutte depuis quelques années [i) déploiement de médicaments à base de dérivés de l’Artémisinine, ii) limitation des traitements présomptifs grâce aux tests de diagnostic rapide, iii) utilisation massive de moustiquaires imprégnées], l’épidémie a marqué un net recul. Cependant, l’adaptation systématique des parasites aux pressions qu’il subit impose une vigilance constante.

Le laboratoire de parasitologie de l’Institut Pasteur de la Guyane a l’avantage d’être situé en zone d’endémie et de disposer d’un plateau technique performant. De plus, l’Amérique du Sud est l’une des régions du monde où les parasites résistants aux antipaludiques apparaissent de novo et in situ. Les génotypes de résistance y sont généralement différents de ceux observés en Afrique ou en Asie du Sud-Est même si les gènes impliqués restent souvent les mêmes. Malgré ces spécificités, les études portant sur les parasites sud américains sont peu nombreuses. L’étude des parasites guyanais est donc d’un grand intérêt pour au final, i) améliorer la prise en charge des patients et, ii) participer à l’ajustement des stratégies de lutte contre le paludisme en Amazonie.

 

Axe 1 - Étude des résistances aux antipaludiques : origine, mécanisme et évolution

Étude du retour à la sensibilité à la chloroquine de P. falciparum en Guyane

La classe des lysosomotropes (la chloroquine, la quinine ou encore la méfloquine) regroupe l’ensemble des molécules s’accumulant dans un organite acide du parasite, la vacuole digestive. C’est dans cette vacuole qu’a lieu la dégradation de l’hémoglobine aboutissant à la formation de petits peptides entrant dans la composition des protéines plasmodiales. Cette accumulation s’effectue essentiellement grâce à un transporteur, pfcrt. En Amérique du Sud, dans le bassin amazonien et notamment sur le plateau des Guyanes, l’allèle type 7G8 (72S, 76T, 271Q, 326D et 356L) de PfCRT rend normalement les parasites résistants à la chloroquine. En Guyane ce n’est pas le cas. Grâce à différentes approches (séquençage de génomes entiers, manipulation génétique, analyse de notre collection de parasites), nous avons mis en évidence une nouvelle mutation C350R au niveau de ce gène pfcrt, qui a la particularité de rendre les parasites à nouveau sensibles à la chloroquine et de diminuer leur sensibilité à la pipéraquine, un antipaludique aujourd’hui utilisé pour traiter cette maladie. Pour la première fois dans l’histoire des résistances aux antipaludiques, un phénomène de réversion de la résistance par acquisition d’une nouvelle mutation est décrit.
Ce travail se poursuit actuellement à l’échelle de l’Amérique du Sud afin d’évaluer la dispersion ou non de cette mutation à l’échelle du continent.
Collaborations :    Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA ; Université Columbia, New-York City, USA ; Centro de investigacion cientifica caucaseco, Cali, Colombie ; US Naval Medical research unit n°6 (NAMRU-6), Callao, Pérou ; Faculty of Medical Sciences, Paramaribo, Suriname ; National Malaria Control, Georgetown, Guyana ; Université de São Paulo, São Paulo, Brésil ; Fundacao de Medicina Tropical Dr Heitor Vieira Dourado, Manaus, Brésil ; Mahidol Oxford Research Unit, Bangkok, Thaïlande.
Financements : Projet d’avenir, ANR CEBA, projets Oemarquine et PlasmodynEvol.

Résistance aux antipaludiques actuellement recommandés en Amazonie

Ce projet a pour objectif d’évaluer en deux points d’Amazonie, la Guyane et l’état d’Amazonas, le niveau de résistance de P. falciparum aux dérivés de l’Artémisinine (Riamet®/Coartem®) et de P. vivax à la chloroquine (Nivaquine®). Ce projet s’appuie sur l’expertise complémentaire des deux équipes impliquées et bénéficiera d’un transfert de compétence réciproque pour les techniques permettant d’évaluer la résistance de P. vivax et de P. falciparum.
Collaborations : Fundaçao de Medicina Tropical Dr Heitor Vieira Dourado, Manaus, Brésil
Financement:    Guyamazon 3.

 

Axe 2 - Évolution et diversité des Plasmodies

AMAZOMICS: Génomique de l’adaptation au sein de l’écosystème amazonien

Ce projet s’inscrit dans un projet plus large visant à étudier la génomique de l’adaptation dans les écosystèmes amazoniens à partir de l’étude de l’adaptation de certaines espèces de chauves souris, de plantes (Urticacées, Broméliacées…), d’arbre (Fabacées), de primates et de parasites (Plasmodium). Pour les parasites responsables du paludisme, l’objectif principal est de mieux comprendre les mécanismes d’évolution adaptative développés en fonction des pressions médicamenteuses ayant été appliquées en Guyane. Deux volets seront abordés : i) l’adaptation de P. falciparum au cours du temps et des pressions médicamenteuses et, ii) l’adaptation de P. vivax vis-à-vis de la pression médicamenteuse par la chloroquine.
Collaborations :  D. Neafsey, Broad Institute, Cambridge, USA
Financement :    Laboratoire d’excellence CEBA, ANR.

Diversité génétique des populations de P. vivax en Guyane

Depuis 2005, P. vivax est la principale espèce qui circule en Guyane avec une incidence de 65% en 2014. Comprendre la génétique des populations parasitaires est essentielle pour permettre d’adapter les stratégies de lutte.
195 isolats collectés entre 2006 et 2010 dans cinq régions géographiques de la Guyane, ont été analysés à l'aide de six marqueurs microsatellites hautement polymorphes, amplifiés par une méthode de polymérisation en chaîne semi-.
Nous avons pu montrer que la population de P. vivax est homogène d’un endroit à l’autre de la Guyane et au cours du temps mais qu’elle peut se structurer à certains moments au gré des épidémies. Ces épidémies sont en effet liées à l’expansion clonale d’une population bien définie de parasites. Cette étude est étendue à un nombre de marqueurs plus important pour affiner les résultats préliminaires.
Collaborations :  Service de santé des armées
Financements : InVS, IRBA.

 

 Axe 3 - Recherche opérationnelle

Évaluation des méthodes diagnostiques

L’objectif de ce projet est d’évaluer les performances :
(i) d’un test de diagnostic rapide (TDR) permettant de détecter la présence de parasites et de distinguer l’espèce Plasmodium falciparum de l’espèce vivax. Ainsi il sera possible de dire si le patient est infecté par les deux espèces. Ce n’est actuellement pas le cas avec le test utilisé dans les Centre Délocalisés de Prévention et de Soins.
(ii) d’un TDR permettant d’évaluer si un patient présente un déficit en enzyme G6PD. Ce dosage est fondamental pour les patients atteints de vivax car si le patient est déficitaire, il faudra alors adapter son traitement par primaquine pour limiter les risques d’hémolyse.
Financements : ARS Guyane

ORPAL : Prévalence du portage de plasmodies chez les personnes travaillant sur des sites d’orpaillage en Guyane

Agir contre le paludisme dans cette population particulière constitue un double enjeu de Santé Publique : d’une part rendre possible l’objectif de l’OMS d’élimination du paludisme sur le plateau des Guyane en 2017 et d’autre part de limiter le risque d’émergence de résistance à l’artémisinine dans la région. Cependant le contexte particulier guyanais (illégalité des orpailleurs, difficulté géographique d’accès…) ne permet pas de mettre en place des actions de santé publique de la même façon que nos voisins, comme le programme « Looking for gold, Finding malaria » mené par le Suriname. Afin de mieux comprendre l’épidémiologie du paludisme dans cette population, ce projet se propose d’évaluer les connaissances-attitudes-pratiques des orpailleurs vis-à-vis du paludisme et de déterminer le nombre de porteurs de parasites parmi eux. Cette population sera recrutée sur les sites de repos côtés surinamais, brésilien et français.
Porteur de projet : M. Douine, Centre d’Investigation Clinique – Antilles Guyane
Financements : FEDER 2007-2013